Das Hauptprotokoll kann durch Auswahl von Report->'Protokoll anzeigen' erstellt werden. Er kann mit Protokoll->'Protokoll speichern als' in verschiedenen Formaten gespeichert werden.
Im Menü Protokoll->Optionen kann der Inhalt des Protokolls konfiguriert werden. Die einzubeziehenden Grafiken können ausgewählt werden und einige Querschnitte des Protokolls können verworfen werden, wenn sie nicht von Interesse sind. Die Legende für alle Parameter der Tabelle kann im Protokoll angezeigt werden.
Das Logo im Protokoll kann in 'mesys.ini' konfiguriert werden. Siehe Konfiguration mit INI-Datei