Der COM-Server kann registriert werden, indem MesysCOM(64).exe mit dem Parameter -regserver als Administrator ausgeführt wird. Dies muss einmalig durchgeführt werden. Zum Deregistrieren kann der Parameter -unregserver verwendet werden.
Im Installationsverzeichnis werden zwei Batchdateien RegisterMesysCOM und UnRegisterMesysCOM bereitgestellt, so dass die Registrierung ohne Kommandofenster erfolgen kann. Sie können als Administrator mit der rechten Maustaste gestartet werden. Dies funktioniert nicht, wenn die Installation auf einer Netzwerkfreigabe erfolgt, im Falle eines Netzwerks muss ein Kommandofenster verwendet werden.